На карті Брацлавського воєводства із Атласу  Гійома Боплана – французького інженера і географа 1648 року значиться перше та єдине поселення з церквою село Шершенці на території Кодимського району.

Церковна школа існувала давно. З 1884 року перейменована в церковно-приходську; з 1889 року вона розміщується в окремому будинку. З 1897 року школа (класна кімната) зайнята під тимчасову церкву, а під класну кімнату пристосована квартира вчителя.

         Чотирикласна церковно-приходська школа проіснувала до 1917 року. В ній навчалося 60-80 учнів. Майже всі жителі села були безграмотними. Середню освіту мали тільки два вчителі.

         Приміщення школи було невеликим і  не могло вмістити всіх бажаючих, тому навчання проводилось дяком та грамотними односельцями і по хатах. За навчання платили грішми та харчами. Серед тих, хто навчав грамоті дітей у себе вдома, був Чабан Зіновій.

Осінню 1924 року в селі Шершенці відновила свою роботу школа, яку відвідували 75%  від загального числа учнів. В селі було відкрито трудову школу. Кількість безграмотних на той час становила 32 людини. Для навчання дорослих відкривали хати-читальні.

         З розвитком освіти чотирикласна школа стала  семикласною. І вже у 1934 році відбувся перший випуск із семирічки.   

1936 року у селі також була відкрита інша семирічна школа з молдавською мовою навчання. Це було зумовлене тим, що великий відсоток населення села становили молдавани.

Пізніше, у 50-60 роках, навчання в цій школі проводилось уже російською мовою, але в народній пам’яті вона залишилася „молдавською”.

У різні роки директорами цієї школи були такі вчителі: Тортіка Петро Тимофійович, Стащенко Харитон Самойлович (1953-16.08.1957р.), Копельчук Петро Григорович (17.08.1957р-25.08.1964р), Янаков Василь Дмитрович (25.08.1964р-31.07.1968р), Котик Дмитро Михайлович (25.08.1968р- 25.08.1969р.), Єременко Віра Опанасівна (26.08.1969р-15.02.1970р.) .

В лютому 1970 року відбулося з’єднання обох шкіл. На сьогодні будівля „молдавської” школи зруйнована.

Під час Другої світової війни Шершенці, як і більша частина України, були окуповані, зокрема Румунією, тому навчання в цей період проводилось румунською мовою.

Після визволення території у школі було відновлено заняття українською мовою.

Директорами у цей час були:

7.04.1944р - 15.08.1944р.        –  Силкіна Ніна Василівна;

16.08.1944р - 25.08.1945р.      –   Уткіна Олімпіада Гнатівна;

26.08.1945р. - 31.10.1947р.     –   Беглєц Юхим Антонович;

1.11.1947 р. - 14.08.1948р.      – Гончарук Іван Мойсейович,

                                                 заступник – Рудкевич Г. П.

15.08.1948р.-15.08.1950р.       –   Голік Феофан Касіянович;

16.08.1950р.-15.08.1952р.        –   Шпат Микола Дмитрович,

                                                  заступник – Лембас Микола Петрович.

16.08.1952р.-20.08.1958р.       –   Руденко Іван Федорович,

                                                 заступник –   Лембас Микола Петрович.

1952 – 1953 року зроблено прибудову, школа стала десятирічною, запроваджено обов’язкове семирічне навчання.

21.08.1958р -31.08.1959р.       –  Боярський  Іван Семенович,

                                                  заступник – Лембас Микола Петрович.

1.09.1959р.-15.08.1972р.          – Ткачук Дмитро Миронович,

                                                   заступник – Ройбик Петро Кирилович

 1962 року приміщення середньої школи збільшилось за рахунок надбудови другого поверху, площа якого становила 419м² .

У 1965 році школа займала чотири приміщення, в яких було розміщено навчальні кабінети, спортивний зал, майстерні, бібліотека, їдальня, а також інтернат, у якому проживали учні з навколишніх українських та молдавських сіл: Олексіївки, Грабово, Котовців, Кайтанівки, Валядинки, Слободи-Рашково.

У 1969 році головне приміщення школи  було перебудовано (після пожежі). Пічне опалення замінено на водяне, збудовано автономну котельню.

З 1972р по 1975 року директором школи працювала Єременко Віра Опанасівна, заступником – Шопяк Богдан Матвійович

В 1975 року директором школи було призначено Шопяка Богдана Матвійовича, який перебував на цій посаді до 2003 року; заступниками були Єременко Віра Опанасівна, Корнелюк Ніна Дмитрівна. В цей період було розпочато навчання за кабінетною системою: обладнано дев’ять кабінетів, проведено замкнуті трьохпрограмні радіо-  і  телесистеми за допомогою яких проводились радіоконференції, телеуроки.

З 1979 року заступником директора з навчально-виховної роботи працювала Єрмишкіна Раїса Іллівна.

У 1989 було розпочато будівництво нової школи на 306 учнівських місць, відкриття якої відбулося 30 серпня 1992 року.

  У школі обладнано 10 навчальних кабінетів та комп’ютерний клас,  шкільні майстерні, актовий зал та їдальню на 60 місць. Також створено кабінет-світлицю народознавства, який постійно поповнюється новими експонатами.

З 1999  по 2016 рік  заступником директора з навчально-виховної роботи працювала Попкова Валентина Авксентіївна

В  2003 р.  директором школи призначено Трунька Юрія Григоровича.

В даний час заступником директора з навчально-виховної роботи працює Васалатій Наталя Григорівна, заступником директора з виховної роботи працює Баркар Наталя Володимирівна.